什邡市地处龙门山脉九顶山系,由于远古地壳的强烈运动,给什邡留下了从数十公里以外漂来的飞来峰和深逾千米的大峡谷、以及冰川遗貌等地质奇观和奇特壮美的天象景观。什邡市内山区、丘陵、平原兼而有之。山区约占全市总面积60%;耕地约占总面积30%;“一江四河”(石亭江、鸭子河、小石河、马牧河、斑鸠河)纵横全境,有“六山、一水、三分田”之称。石亭江在市境内有87公里,高景关以上称洛水,以下称石亭江,长29.5公里。河的源头为九顶山东侧的二道金河(洛水)和头道金河(章水),江水流至金堂赵镇入沱江,再由沪州汇入长江。鸭子河在市境内23.5公里,源于什邡、彭州交界山区。从彭州流入什邡再至广汉。全市森林覆盖率46.7%。林区内野生动物多达300余种,其中有大熊猫、金丝猴等国家和省重点保护动物60余种,林区内还生长着近千种植物,其中有国家保护树种珙桐、水春树等20余种。天然药材如天麻、贝母、黄连等分布甚广。自然景观也多彩多姿。什邡市还建有省级自然保护区——四川九顶山自然保护区。